Siempre se creyó que existía una red de túneles ubicada debajo de este colegio. Se sospechaba que las bocas de éstos eran tres. La primera se encontraba en la escalera junto a la entrada del laboratorio de Biología; la segunda bajo el último inodoro de varones del patio de atrás, y la tercera en la última ducha del vestuario del subsuelo.
Muchos han afirmado la existencia de estos túneles. Cuentan que pudieron entrar en uno de ellos y descubrieron que sólo se podía llegar a la calle Urquiza debido a que se encontraban interrumpidos seguramente por el trazado de las calles.
Los túneles a los cuales accedía el colegio llevaban a Plaza Miserere, donde se combinaban con otros para llegar a través de uno central hasta la aduana del puerto de Buenos Aires. Su finalidad era proteger a la población de ataques externos y a su vez comunicar edificios públicos importantes.

Luego de que los Jesuitas se retiraran, los túneles empezaron a ser utilizados por los criollos, ante la invasión del ejército ingles. Después del vencimiento a las tropas internacionales, los túneles quedaron abandonados.
Se dice que también fueron usados mucho tiempo por los contrabandistas que ocultaban mercaderías.
Versiones oficiales aseguran que recién a partir del siglo XX fueron redescubiertos, donde se hallaron huellas de la época de los Jesuitas